19 de abril de 2016

Los biólogos se rebelan y publican directamente en Internet

La evaluación por pares es ampliamente reconocida como una de las etapas más importantes de la comunicación científica, pues tiene la función de asegurar la validez, calidad y credibilidad de la investigación. También es, sin embargo, la etapa más lenta del proceso de publicación, pudiendo demandar desde pocos meses hasta algunos años, si consideramos que el artículo podría no ser aceptado en la primera revista a la cual fue enviado.

La comunicación científica en la llamada “Era de Internet” considera estos plazos demasiado largos. Alternativas como la publicación individualizada de artículos por las revistas y repositorios de preprints están ganando impulso y consolidándose en los últimos años. Y más, es posible asociar preprints y evaluación por pares pos publicación, según los participantes de la conferencia ASAP Bio que tuvo lugar en febrero de 2016 en el Howard Hughes Medical Institute, en EUA.

El programa SciELO estuvo presente en la ASAP Bio y apoya la tendencia actual de acelerar la diseminación de los resultados de investigación, con énfasis en la publicación continuada de artículos en las revistas que indexa y publica. Esta modalidad de publicación fue lanzada por los denominados megajournals, como los de la colección Public Library of Science (PloS) y The BMJ (anteriormente British Medical Journal).

La pre publicación de artículos online en repositorios de acceso abierto tiene como objetivo principalmente acelerar la diseminación e intercambio de resultados de investigación y apoyar el avance de la ciencia. No es menos importante la intención de los investigadores en asegurar la prioridad del descubrimiento. Además, la pre publicación no excluye el envío simultáneo o posterior del artículo a una revista, que tendría la finalidad de cumplir con los requisitos de agencias de financiación, progreso en la carrera y obtener el reconocimiento de los colegas.

Un artículo de Ronald Vale, de la Universidad de California en Berkeley y del Howard Hughes Medical Institute, EUA, depositado inicialmente como preprint[1] y posteriormente publicado en PNAS[2] en 2015 analiza en detalle los aspectos de la pre publicación en biología. El autor presenta como ventajas principales del preprint la disponibilidad inmediata de los resultados; el mayor escrutinio al que se expone el artículo a toda la comunidad científica en lugar de los dos o tres revisores en el proceso clásico de evaluación por pares; la disociación del prestigio de la revista; y la economía de recursos. Como principales desventajas Vale señala la falta de evaluación por pares que podría llevar a una calidad inferior de artículos y la sobrecarga de información. Sin embargo, el autor destaca que los repositorio disponen de mecanismos de filtro para impedir artículos poco científicos. Además de eso, la reputación en juego del autor y/o su institución impediría el intercambio de artículos de mala calidad. En cuanto a la sobrecarga de información, Vale es de la opinión de que los científicos ya están sobrecargados con información, y bastaría mejorar los métodos de selección y recuperación de la literatura para reducirla.

Según Vale, para que la publicación de preprints se convierta en una práctica frecuente y exitosa, en principio, es necesario que se satisfagan dos aspectos. El primero es que la comunidad científica – y principalmente las agencias de financiación – estén de acuerdo en reconocer los preprints como producción científica relevante. El segundo es que las revistas acepten considerar para publicación material depositado previamente como preprint.

Estos aspectos ya habían sido evaluados por el Grupo de Trabajo de la Open Science Initiative (OSI) en octubre de 2014[3], patrocinado por la UNESCO. El informe resultante enfoca en la reforma del sistema de publicación científica vigente actualmente mediante el análisis pormenorizado de temas como el acceso abierto, los modelos económicos de la publicación científica, la evaluación del desempeño de investigadores y el progreso en la carrera en base al prestigio de las revistas.

En un post reciente en este blog, Jan Velterop[4] retoma el tema de la reforma del sistema de publicación académica mediante dos temas polémicos que están siendo discutidos actualmente, el sitio SciHub y las revistas híbridas. Según Velterop, el riesgo de ambos para la comunicación científica no está en su aspecto anti ético, sino en el hecho de impedir que la publicación científica evolucione de acuerdo con las demandas de la comunidad científica moderna.

El diario norteamericano The New York Times publicó el 15 de marzo en su página de Ciencia[5] un artículo sobre la iniciativa ASAP Bio, informando que Carol Greider, de la John Hopkins University, EUA, se convirtió en el tercer biólogo galardonado con el Premio Nóbel en publicar sus descubrimientos en un repositorio de acceso abierto, bioRxiv, antes de enviarlo a una revista científica, considerado como publicación “oficial”. Mediante su cuenta en Twitter, la Dra. Greider celebra la publicación en bioRxiv e inserta el comentario en el hashtag #ASAPbio.

El repositorio de preprints bioRxiv existe desde hace tres años y fue creado por el Cold Spring Harbor Laboratory en la misma forma del arXiv, repositorio tradicional de preprints en las áreas de matemáticas, física, astrofísica, y ciencias de la computación, creado en 1991 por Paul Ginsparg. Los archivos de preprints fueron considerados ejemplos de “apertura vertical” dentro del acceso abierto en la publicación científica por Adam Smith, relator del Workshop on Alternative Open Access Publishing Models[6,7], o simplemente AlterOA, evento que promovió una amplia discusión sobre el futuro del Acceso Abierto en la Unión Europea en octubre de 2015.

BioRxiv es una iniciativa relevante y oportuna creada hace tres años que, con el apoyo de científicos como Carol Greider, deberá crecer y alcanzar el estado de su predecesor, arXiv. Por ahora, sin embargo, registró el año pasado 1.771 artículos depositados, contra millones publicados en revistas biomédicas tradicionales.

Dado el apoyo demostrado al bioRxiv durante ASAP Bio, los investigadores están aumentando el número de artículos depositados. Tan solo en el primer trimestre de 2016 (hasta el 18 de marzo), el repositorio registra 673 documentos, casi un tercio del total depositados en 2015. Y con la divulgación y el apoyo que está recibiendo, no solamente de científicos de renombre, sino también de investigadores jóvenes, se espera que aumente todavía más. Stephen Floor, biólogo molecular en la Universidad de California, Berkeley, EUA, tuiteó “Es necesario experimentar la sensación de libertad de comunicar inmediatamente sus descubrimientos vía preprint solo una vez para convertirse en un entusiasta”. Steve Shea, neurocientífico del Cold Spring Harbor Laboratory comenta en el microblog “Nuestro nuevo artículo. Permaneció por un año y medio en revisión, pero ahora usted puede leerlo y comentar”, refiriéndose al libre acceso a su artículo recién depositado en bioRxiv.

Además del aspecto de la rapidez de la publicación – y la consecuente atribución inmediata de autoría de la idea – otro factor motiva a los científicos a depositar sus artículos inicialmente en repositorios de preprints, el concepto de la ciencia como bien público. La investigación es, en gran parte, financiada con recursos públicos que provienen de impuestos pagados por todos. Nada más justo que retribuir proporcionando los resultados, tan pronto como sea posible, en acceso abierto en Internet. Harold Varmus, otro investigador agraciado con el Nóbel, ex director del NIH, histórico defensor del Acceso Abierto y uno de los organizadores del evento ASAP Bio, declaró en una conferencia que fue ampliamente tuiteada “Las conversaciones también deben pensar en la ciencia como un bien público global. Los preprints pueden ser buenos para las carreras …” y “También debemos cumplir nuestro contrato con el público que financia nuestra capacidad de realizar investigación”.

Sin embargo, los investigadores, especialmente los que están al inicio de la carrera, rechazan depositar sus artículos en repositorios de preprints por temor a que, procediendo de esta manera, están potencialmente disminuyendo la chance – ya pequeña – de que sus artículos sean aceptados para publicación en revistas de prestigio como Nature, Science o Cell. Las dos primeras adoptan la política de tratar a los artículos depositados como preprints como teniendo la misma prioridad que los manuscritos no pre publicados. Otras, sin embargo, no consideran ningún preprint, y algunas como Cell, orientan a los autores que tienen la intención de depositar preprints a consultar antes a la revista. Dado que la publicación en revistas de alto perfil puede definir la carrera de un investigador, muchos de ellos prefieren no arriesgar esta posibilidad publicando preprints.

De hecho, muchos investigadores están divididos entre las ventajas de que sus resultados sean publicados rápidamente como preprints y las ventajas de la publicación tradicional incluyendo la revisión por pares que lleva a la mejora del manuscrito y trae reconocimiento asociado al prestigio de la revistas. Otro científico galardonado con el Nóbel, Randy Schekman de la Universidad de California en Berkeley, EUA y editor de la revista eLife, recibió el siguiente comentario tuiteado por un colega “Schekman refuerza la importancia de la evaluación por pares para vetar y la mejora de artículos y la importancia de nuestro papel como evaluadores #ASAPbio”.

Situaciones de emergencia en salud pública como las epidemias de gripe H1N1 en 2009, Ébola en 2014 y del virus Zika actualmente llevaron a las revistas a ofrecer libremente artículos que antes solo estaban disponibles mediante suscripciones para facilitar e impulsar el trabajo de los investigadores en todo el mundo en el descubrimiento de pruebas de diagnósticos, tratamientos y vacunas. La rápida proliferación de los brotes del virus Zika, inicialmente en las Américas, y ahora esparciéndose por todos los continentes, llevó a muchas revistas a declarar que no penalizarían a los investigadores que publicaran preprints antes de enviar sus artículos. La reacción de los científicos fue cuestionar por qué trazar una línea en el tema del virus Zika y no extender el beneficio a todos.

La determinación de hacer los artículos científicos libremente accesibles a todos llevó a un investigador en Kazajstán a piratear trabajos académicos accesibles por suscripción y ofrecerlos en acceso abierto en el sitio SciHub. Los investigadores especulan que si los preprints fueran la regla, no habría necesidad de piratear artículos. Richard Sever, responsable por el servidor de bioRxiv en el Cold Spring Harbor Laboratory compartió en su cuenta de Twitter: “24-48hs para publicar en bioRxiv. Cualquier persona en el mundo con un computador puede leer. Solo eso”.

Los defensores del sistema clásico de publicación argumentan contra los preprints alegando que son perjudiciales a la ciencia de calidad. Emilie Marcus, editora de Cell, relató en la conferencia ASAP Bio que conversando con más de 100 científicos los editores de la prestigiosa revista constataron que lo que mueve a los investigadores a hacer uso de los preprints principalmente es asegurar la autoría del descubrimiento y en el ansia de hacerlo podrían comprometer la calidad del trabajo.

Los partidarios de los preprints argumentan en contra que los investigadores tienen una reputación que proteger y no publicarían, ni siquiera como preprints, de mala calidad. De cualquier manera, los artículos depositados en bioRxiv, por ejemplo, están claramente señalados para indicar que “contienen información que todavía no fue aceptada o aprobada por la comunidad médica o científica”. Cualquier investigador está consciente, también, que hay innumerables artículos sometidos a revisión por pares comprobadamente errados, y para muchos, la revisión por pares pos publicación sería una forma más riguroso y justa de ejercer el control de calidad.

De hecho, los científicos no pretenden romper el sistema tradicional de publicación científica a través de preprints, quieren solo que ambos coexistan. Otros van más allá, como el Rector de la Escuela de Medicina de Harvard, EUA, Jeffrey S. Flier, afirmando que perturbar la publicación científica puede ser bueno para la ciencia. Él publicó en su Twitter “¿Preprints perturban la ciencia? Tal vez deberían. Perturbación es necesaria por muchas razones”.

Algunos investigadores, sin embargo, no ven con buenos ojos una competencia entre revistas y preprints. Si las bibliotecas universitarias desistieran de las suscripciones de revistas en favor de los preprints, las revistas en represalia, podrían revocar sus permisos para usarlas, forzando a los científicos a hacer una elección difícil.

El movimiento a favor de los preprints puede depender de otro movimiento iniciado por los mismos biólogos, Declarationon Research Assessment (DORA), firmada en 2012, que recomienda no usar el Factor de Impacto para evaluar a los investigadores para contratos y promociones en la carrera[8]. Los defensores de ASAP Bio afirman que será necesario un cambio cultural en la forma de evaluar publicaciones, basándose en la esencia del contenido y no dónde fue publicado. Según Michael Eisen, defensor del ASAP Bio, esta discusión es más que oportuna, “Es increíble cómo llevó 20 años para que los ‘científicos publicaran su trabajo en Internet’ y no sea visto como radical”. Todo indica que es la dirección a seguir.

Notas

1. VALE, R.D. Accelerating Scientific Publication in Biology. bioRxiv. 2015. DOI: 10.1101/022368. No prelo.

2. VALE, R.D. Accelerating Scientific Publication in Biology. PNAS. 2015, vol. 112, nº 44, pp. 13439-13446. DOI: 10.1073/pnas.1511912112. Available from: http://www.pnas.org/content/112/44/13439

3. THE OPEN SCIENCE INITIATIVE WORKING GROUP. Mapping the Future of Scholarly Publishing. Janeiro 2015. Available from: http://nationalscience.org/wp-content/uploads/2015/02/OSI-report-Feb-2015.pdf

4. VELTEROP, J. Sobre los peligros de SciHub y las revistas híbridas. SciELO en Perspectiva. [viewed 27 March 2016]. Available from: http://blog.scielo.org/es/2016/03/22/sobre-los-peligros-de-scihub-y-las-revistas-hibridas/

5. ARMON, A. Handful of Biologists Went Rogue and Published Directly to Internet. The New York Times. 2016. Available from: http://nyti.ms/22iEqpz

6. Report of the Workshop on Alternative Open Access Publishing Models. European Commission. 2015. Available from: http://ec.europa.eu/digital-agenda/en/news/report-workshop-alternative-open-access-publishing-models

7. NASSI-CALÒ, L. Resultados del taller AlterOA: recomendaciones para el futuro del Acceso Abierto. SciELO en Perspectiva. [viewed 18 March 2016]. Available from: http://blog.scielo.org/es/2016/01/28/resultados-del-taller-alteroa-recomendaciones-para-el-futuro-del-acceso-abierto/

8. NASSI-CALÒ, L. Declaración recomienda eliminar el uso del Factor de Impacto en la evaluación de la Investigación. SciELO en Perspectiva. [viewed 19 March 2016]. Available from: http://blog.scielo.org/es/2013/07/16/declaracion-recomienda-eliminar-el-uso-del-factor-de-impacto-en-la-evaluacion-de-la-investigacion/

Referencias

ARMON, A. Handful of Biologists Went Rogue and Published Directly to Internet. The New York Times. 2016. Available from: http://nyti.ms/22iEqpz

EISEN, M. and VOSSHALL, L.V. Acoplando pre-prints y arbitrajes post publicación para una publicación científica económica, justa y eficaz [Publicado originalmente en el blog “it is not junk” de Michael Eisen]. SciELO en Perspectiva. [viewed 18 March 2016]. Available from: http://blog.scielo.org/es/2016/02/11/acoplando-pre-prints-y-arbitrajes-post-publicacion-para-una-publicacion-cientifica-economica-justa-y-eficaz-publicado-originalmente-en-el-blog-it-is-not-junk-de-michael-eisen/

Mapping the Future of Scholarly Publishing. The open science initiative working group. 2015. Available from: http://nationalscience.org/wp-content/uploads/2015/02/OSI-report-Feb-2015.pdf

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PACKER, A., et al. Acelerando la comunicación de las investigaciones: las acciones de SciELO. SciELO en Perspectiva. [viewed 18 March 2016]. Available from: http://blog.scielo.org/es/2016/03/10/acelerando-la-comunicacion-de-las-investigaciones-las-acciones-de-scielo/

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VALE, R.D. Accelerating Scientific Publication in Biology. PNAS. 2015, vol. 112, nº 44, pp. 13439-13446. DOI: 10.1073/pnas.1511912112. Available from: http://www.pnas.org/content/112/44/13439

VELTEROP, J. Sobre los peligros de SciHub y las revistas híbridas. SciELO en Perspectiva. [viewed 27 March 2016]. Available from: http://blog.scielo.org/es/2016/03/22/sobre-los-peligros-de-scihub-y-las-revistas-hibridas/

Links externos

arXiv – http://arxiv.org/
ASAP Bio – http://asapbio.org/
bioRxiv – http://biorxiv.org/
Sci Hub – https://sci-hub.io/

Autor: Lilian Nassi-Calò
Fuente: <http://blog.scielo.org/>
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